CytExpert yazılımı, telafiyi ve örnek edinimini sırasıyla .xitc ve .xit olarak belirlenen ayrı deneylere ayırır. Deneyi yapan kişi, ilk olarak hangisini gerçekleştireceğini seçebilir.

1. Yeni bir telafi gerekirse, aşağıdaki şekilde oluşturun:
   
   1. Telafi taneciklerini veya hücrelerini kullanarak tüm gereken boyanmamış ve tek renkli kontrolleri hazırlayın.
   2. .File (Dosya) menüsünde New Compensation (Yeni Telafi) öğesini seçin, dosyayı adlandırın ve Save (Kaydet) öğesine tıklayın
   3. Telafi gerektiren kanalları seçin ve ardından hazırlanan kontrol tüplerinin Sample Type’ını (Örnek Tipi) seçin. Deney için işaretlenmemiş tüpler gerekmez. OK (Tamam) öğesini seçin.
      Not: Etiket ve Lot No. bilgileri, istenirse girilebilir ve Telafi Kitaplığında saklanabilir.
      
      CytExpert, Tube (Tüp) panelindeki eşleşen boş tüplerin ve pozitif ve negatif popülasyonları geçitlemek için gereken tüm grafiklerin bir listesini otomatik olarak oluşturur.
      
   4. Karşılık gelen boyanmamış veya tek renkli örnek florosferlerini veya hücrelerini yükleyin ve Acquisition (Edinim) panelinde  öğesini seçin.
   5. Gerekirse, yayılım geçidini istenen popülasyonu kapsayacak şekilde ayarlayın. Floresans grafiğindeki kaydırıcı ölçeği, negatif ve pozitif tepe noktaları uygun bir konumda görünecek şekilde ayarlayın. Karşılık gelen tepe noktalarını kapsamak için pozitif ve negatif geçitleri hareket ettirin.
   6. Geçitler tatmin edici konumlara geldiğinde, öğesini seçin.
   7. Tüm tüpler için d-f adımlarını tekrarlayın.
   8. Tüm gerekli telafi örnekleri için veri topladıktan sonra, araç çubuğundan veya ayarlar menüsünden Compensation Calculation (Telafi Hesaplama) öğesini seçerek telafi matrisini oluşturun.
      
   9. Compensation Matrix (Telafi Matrisi) penceresi telafi değerlerini gösterir. Matrisi .comp dosyası olarak dışa aktarmak ve kaydedileceği yeri belirtmek için, Save As (Farklı Kaydet) öğesini seçin. Tek renkli telafi değerlerini telafi kitaplığına kaydetmek için, Save To Compensation Library (Telafi Kitaplığına Kaydet) öğesini seçin. OK (Tamam) seçin ve Close (Kapat) seçin.
   10. Telafi matrisini kaydetmek veya kitaplığa yazmak için, telafi deneyini açın, telafi kontrollerini çalıştırın. Tamamlandığında, telafiyi hesaplayın. Daha sonra telafi matrisi altındaki belirlenmiş düğmeyi kullanarak telafi kitaplığını kaydedin (açılır pencere). “Save as Comp Matrix” (Telafi Matrisi Olarak Kaydet), “Save as Comp Library” (Telafi Kitaplığı Olarak Kaydet). Bir ad seçin.
       Hızlı İpucu: Geriye dönük olarak telafi uygulamak için (önce bir deneyle başlayıp sonra telafiyi uygulayarak), bir deney açın, örneklerinizi çalışın. Örnek üzerine sağ tıkladığınızda, “Apply Compensation” (Telafi Uygula) adlı bir kutu görünür. Tüpünüzün yanında boş ve işaretlenmiş bir simge/kutu (çok solda) bulunur, telafi matrisini uygulamak için simgeye sağ tıklayın. Buradan, matrisinizi seçin. Ardından, telafiyi tüm tüplere uygulayın.