Ölü hücreler antikorları spesifik olmayan bir şekilde yüzde pozitif hesaplamalarını çarpıtarak bağlar. Ölü hücreler ayrıca otofloresanda artış göstererek spesifik sinyallerin saptanmasını engeller.  Hiyerarşik kapılama yoluyla popülasyon analizinden önce ölü hücrelerde kapı oluşturulmalıdır.

Ölü Hücre Hariç Tutularak veya Tutulmadan Numune Analizi Karşılaştırması. Çözündürülmüş PBMC'ler ViaKrome 405 Sabitlenebilir Canlılık Boyası eklenmeden (A) veya eklenerek (B) immünoboyama boyamasından önce ısı ile (10 dakika boyunca 55 °C) strese tabi tutulmuştur. Hücreler daha sonra Perfix-nc Hücresel Boyama Hazırlık Kiti (Parça Numarası B10825) ile işlenmiştir ve Granzyme B-FITC, CD19-PE, CD14-ECD, CD79a-PC5.5, CD3-PC7 ve CD45-Krome Orange ile boyanmıştır. Veriler CytoFLEX LX N-V-B-Y-R-I serisi akış sitometrisi kullanılarak alınmış ve Kaluza Analiz yazılımı ile analiz edilmiştir.  Geçit istatistikleri, ana popülasyonun yüzdesini gösterir ve hiyerarşik kapılama oluşturmadan önce ölü hücrelerin ortadan kaldırılmasının etkisini gösteren iki koşulda farklılık gösterir.