SPADE (Yoğunluğun Kapsama Ağacı İlerleme Analizi-normalleştirilmiş Olaylar), Cytobank platformundaki çok boyutlu sitometre veri dosyalarındaki popülasyonları otomatik olarak tanımlamanın bir yoludur. SPADE, hücreleri popülasyonlara ayırır ve ardından bunları aşağıda gösterilen gibi bir ağaca yansıtır¹. SPADE, hem ‘klasik’ floresans akış sitometresi hem de kütle sitometresinden elde edilen veriler için kullanılır.

Birlikte analiz edilen farklı örnekler için ayrı SPADE ağaçlarına bakma. Bu iki ağaç sorunu, ağaçlarda katmanlar oluşturularak SPADE'de kolayca çözülebilir. Belirli bir kanalda yoğunluk için ham bir değer görüntülemek yerine her bir nod artık katlama yoğunluğunu gösterecektir. Bunu başarmak için, katlama değişim gruplarının tanımlanması gerekir.

Bir katlama değişim grubu, katlama değişim hesaplaması için birbirleri arasında karşılaştırılacak dosyaların birleşimidir. Katlama değişimini hesaplamak için her dosya tanımlanmış bir başlangıç dosyasıyla karşılaştırılacaktır. Bir grup içinde birden fazla başlangıç dosyası seçilebilir.

Daha fazla ayrıntı ve talimat için Cytobank Destek sayfalarımızı da ziyaret edin.

Referanslar

1. Qiu P, Simonds EF, Bendall SC, et al. Extracting a cellular hierarchy from high-dimensional cytometry data with SPADE. [SPADE ile yüksek boyutlu sitometre verilerinden hücresel hiyerarşi çıkarma.] Nature Biotechnology. 2011;29(10):886-891. doi:10.1038/nbt.1991